非负矩阵分解分析连续细胞状态
# 非负矩阵分解分析连续细胞状态
在现代生物学研究中,理解细胞状态的多样性和连续性是揭示复杂生物过程的重要一步。
无论是肿瘤微环境中的细胞演化,还是发育过程中的细胞分化,细胞状态的变化通常不是离散的,而是表现为一种渐变的连续谱。
非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF) 能够有效提取和解释基因表达数据中的连续细胞状态。本文将探讨 NMF 在分析连续细胞状态中的应用原理及其生物学意义。
# 非负矩阵分解(NMF)
NMF 是一种矩阵分解技术,用于将一个非负矩阵拆解为两个非负矩阵的乘积。形式上:
V≈WHV \approx WH
V≈WH
其中:
more...跨多个通路的 DEGs 可视化
# 跨多个通路的 DEGs 可视化
报错的原因是 scale_fill_manual() 提供的颜色向量 custom_colors 中的颜色数量不足以覆盖 geom_scatterpie 内使用的 cols 所对应的路径数量,导致了 “需要 11 个颜色,但只提供了 9 个” 的错误。
# 原因分析
scale_fill_manual() 会同时影响所有使用 fill 映射的几何对象,包括:
geom_scatterpie (用于 pathways 和器官分布)
geom_label_repel (用于标签背景颜色)。
冲突:
custom_colors
more...使用 Ensembl API 查询 SNP 在不同人群中的分布情况
# 使用 Ensembl API 查询 SNP 在不同人群中的分布
Ensembl REST API 的端点和测试用例可以在这里找到。本文以 R 语言为例,介绍如何使用 Ensembl API 查询特定单核苷酸多态性(SNP)的分布情况,包括单个和批量查询的实现过程。
# 为什么要查询 SNP 的分布?
SNP(单核苷酸多态性)是基因组中常见的变异形式,对研究基因与表型的关系、疾病关联分析和个性化医疗至关重要。SNP 在不同人群中的分布往往因种群历史、地理分布和自然选择而异,因此理解这些分布特征是遗传学研究的重要任务。
# 准备工作
需要加载几个 R 包来完成请求和数据处理:
library(
more...科研写咋词汇表
# 科研写作词汇表
英文
中文
例句
hypothesize
假设
We hypothesize that...
leverage
利用
By leveraging machine learning techniques, we can...
be apparent with
明显的
...we can efficiently identify complex patterns that may not be apparent with traditional methods
complement
补充
This could potentially complemen
more...Cytoscape.js 的使用
# Cytoscape.js 的使用
由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮,因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮
2024-09-23
在前面,
more...使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-08-使用动态配置编写组件:以页脚美化为例
# 使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 - 08 - 使用动态配置编写组件:以页脚美化为例
由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮,因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮
2024-09-23
在前面,我们为了方便,在根组件 ADDB/src/App.vue 中简单写了一个页脚
<el-footer class="footer"> <p>© 2024 Alzheimer's Disease Biomarker Databas
more...使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-07-添加 VuePress 作为内嵌文档
# 使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 - 07 - 添加 VuePress Theme Hope 作为内嵌文档
由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮,因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮
2024-09-23
VuePress 是一个基于 Vue.js 的静态网站生成器,专为构建技术文档和博客等内容设计。
VuePress Theme Hope 是一个基于 VuePress 的主题,提供了丰富的 Markdown 语法、组件支持、交互演示、幻灯片、搜索等功能。我们采用它来为网站构建一个美观的帮助文档。这里是官方使用指南。
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